Johanniskraut ist eine ausdauernde, aufrechte, im oberen Teil ästig verzweigte Pflanze mit 20 bis 100 cm hoch wachsendem Stängel. Im Unterschied zu anderen Hypericum-Arten besitzen die Stängel des Johanniskraut zwei Längskanten und im durchscheinenden Licht vielfach perforiert erscheinende Blätter. Die goldgelben, unsymmetrischen Blüten fallen durch ihre zahlreichen, langen Staubblätter auf und bilden traubig zusammengesetzte Trugdolden. Beim Zerreiben der frischen Blüten, tritt ein dunkelroter Farbstoff aus.
Medizinisch verwendet wird das aus den frischen Blüten gewonnene Johannisöl und die kurz vor der Blüte geernteten und getrockneten Zweigspitzen (Kraut).